Avec Idomeneo, Mozart apporte un vent de fraîcheur, de nouveauté, de modernité au genre séculaire de l’opera seria – réputé plutôt « statique » -, et laisse présager la profondeur qui sera celle des opéras de la maturité. L’œuvre comporte des pages d’une grande beauté : les trois airs d’Électre (le premier et le troisième sont des quasi « scènes de folie », le second, « Idol mio », une tendre plainte amoureuse), l’éblouissant « Fuor del mar » du rôle éponyme, le mélancolique « Zeffiretti lusinghieri » d’Ilia, le sublime quatuor « Andro rammingo e solo » du dernier acte, dans lequel chaque personnage exprime un sentiment différent, … Mais ce qui frappe surtout, c’est la formidable construction de l’œuvre, chaque acte donnant l’impression d’avancer vers un point d’orgue dramatique et musical : le désespoir d’Idoménée contrastant avec l’hymne à Neptune au finale du premier acte ; l’apparition du monstre marin par laquelle s’achève le II (avec le superbe chœur « Corriamo, Fuggiamo »); la folie d’Électre et la paix retrouvée à la fin de l’œuvre. Cette continuité dramatique est notamment assurée par les transitions ménagées par Mozart entre airs et récitatifs, les habituelles cadences conclusives étant remplacées par des phrases de liaison empêchant toute interruption du drame (écoutez, par exemple, l’étonnante transition entre le premier air d’Électre -« Tutto nel cor vi sento » – et le chœur « Pietà! Numi, pietà! » au premier acte).
Enfin, le portrait psychologique des personnages présente une finesse rarement atteinte dans les œuvres antérieures du compositeur, la musique permettant de donner une couleur et des prolongements particulièrement profonds aux conflits qui agitent les personnages : conflit, pour Ilia, entre la tendresse qu’elle éprouve envers un étranger, ennemi de sa patrie, et la fidélité qu’elle doit à son peuple et à son pays (« Padre, germani... ») ; entre son amour et son devoir d’obéissance à son père pour Idamante ; entre la soumission aux dieux et son amour filial pour Idoménée. 

Il existe plusieurs versions d’Idomeneo : la partition originale doit être distinguée de celle de la création, l’œuvre ayant fait l’objet de coupures avant la première. Enfin, à l’occasion des représentations viennoises de 1786, la partition subira de nouvelles transformations, avec notamment la composition par Mozart de deux pages alternatives : pour l’air d’Arbace (acte II) et pour le duetto Idamante/Ilia (acte III). Le rôle d’Idamante sera par ailleurs réécrit pour une voix de ténor, et se verra enrichi d’un nouvel air avec violon obligé – qui deviendra un peu plus tard le sublime air de concert avec orchestre et piano obbligato : « Ch’io mi scordi di te« . Aujourd’hui, les chefs puisent dans les différentes versions existantes en fonction de choix philologiques ou esthétiques ; le rôle d’Idamante est confié soit à un mezzo, soit à un ténor.